Un premier inventaire a été réalisé par l'Association grâce au soutien de Madame Françoise Langlois, qui a longtemps été chercheuse associée au Laboratoire ISH de Lyon 1 et membre de l'Association de Sauvegarde des Instruments Scientifiques et Techniques de l'Enseignement (ASEISTE). 

Dans le cadre de la procédure de classement des collections de Varagnes, un second inventaire a ensuite été effectué par la Mission nationale de sauvegarde et de valorisation du Patrimoine Scientifique et Technique Contemporain (PATSTEC), dont les objectifs consistent en l’inventaire, la conservation et la valorisation des instruments scientifiques et techniques de la recherche publique et privée. Portée par le Ministère de la Recherche et le Conservatoire national des arts et métiers, elle a pour but la constitution d’une base de données de référence dans le domaine des instruments scientifiques et techniques contemporains. Elle apporte son expertise et son soutien scientifique dans la réalisation d’inventaires scientifique et technique et son appui à des projets et volontés de protection, conservation et valorisation de ce patrimoine.

L’inventaire a été réalisé par Quentin Rodriguez, assistant de conservation du patrimoine, et Nathalie Vidal, attachée de conservation du patrimoine et responsable du département histoire des sciences et techniques du musée Lecoq, qui accueille également la mission PATSTEC Auvergne.

Le but de la mission d’inventaire était de dresser un catalogue le plus complet possible de l’ensemble des instruments scientifiques et techniques du domaine de Varagnes, d’alimenter la base de données locale PATSTEC, de verser dans la base de données nationale PATSTEC et de mettre en ligne cet inventaire sur la page internet du muséum Henri-Lecoq et le site internet national PATSTEC. 

La mission a consisté en un inventaire détaillé de la salle de physique, de l’observatoire d’astronomie et un banc d’astronomie dans l’atelier d’artiste, de la salle de chimie, de la salle de mécanique (atelier), de deux objets situés dans le garage actuel, d’une voiture et de la forge. Il est complété par l’inventaire de plusieurs objets scientifiques et techniques situés dans la maison d’habitation mais qui n’ont pas vocation à être classés (conservés à titre privé par la famille). Ces objets sont repérés par le nom du lieu où ils se trouvent dans la maison, ajouté au titre de l’objet dans la fiche d’inventaire afin de les identifier clairement pour ne pas les intégrer au dossier de demande de classement.

Un total de 271 fiches d'inventaire a été dressé et complété par une campagne photographique de plus de 1 600 photos."